2021

• Schäfer, M. Funde von Wirbellosen im Bleisarg. In: M. Baumann (Hrsg.), Die Bestattung einer wohlhabenden Frau aus Augusta Raurica. Interdisziplinäre Auswertung eines Bleisargs aus dem Nordwestgräberfeld. Forschungen in Augst 54, 2021, 146-148.
• Stopp, B., Schäfer, M. Von Kamelen und Wisenten. Jahresbericht 2020 des Naturhistorischen Museums Basel, 2021, 33.

2020

• van Willigen, S., Antolin, F., Brochier, J. E., D’Anna, A., Delefosse, C., Errera, M., Follmann, F., Jacomet, S., Jesus, A., Kühn, M., Reggio, A., Pétrequin, P., Röder, B., Schäfer, M., Schibler, J., Schmitt, A., Schoch, W. H. und Viel, L. (2020) «Les apports du site pour la connaissance du Néolithique moyen», in van Willigen, S., Bailly, M., Röder, B., Schibler, J., und Schmitt, A. (Hrsg.) Les Bagnoles à L’Isle-sur-la-Sorgue. Un site majeur du Néolithique moyen en Vaucluse. Aix-en-Provence: Presses Universitaires de Provence, 281-352.
• Antolín, F., Delefosse, C., Errera, M., Follmann, F., Jacomet, S., Jesus, A., Kühn, M., Pétrequin, P., Schäfer, M., Schibler, J., Reggio, A., van Willigen, S. (2020): Les structures attribuables au Néolithique moyen de type La Roberte (fin du Ve millénaire-début du Ive millénaire avant notre ère). In: van Willigen, S., Bailly, M., Röder, B., Schibler, J., Schmitt, A. (dir.). Les Bagnoles à L’Isle-sur-la-Sorgue. Un site majeur du Néolithique moyen en Vaucluse. Aix-en-Provence, Presses Universitaires de Provence, 229-280.
• Antolín, F., Le Bourdonnec, F.-X., D’Anna, A., Delefosse, C., Follmann, F., Jacomet, S., Jesus, A., Kühn, M., Schäfer, M., Schibler, J., Reggio, A., van Willigen, S. (2020): Les structures attribuables au Néolithique moyen de type Chassey (dernier tiers du Ve millénaire avant notre ère). In: van Willigen, S., Bailly, M., Röder, B., Schibler, J., Schmitt, A. (dir.). Les Bagnoles à L’Isle-sur-la-Sorgue. Un site majeur du Néolithique moyen en Vaucluse. Aix-en-Provence, Presses Universitaires de Provence, 117-228.
• Antolín, F., Schäfer, M. (2020, on-line first): Insect pests of pulse crops and their management in Neolithic Europe. Environmental Archaeology
• Hafner, A., Rey, F., Hostettler, M., Laabs, J., Bolliger, M., Brombacher, Ch., Francuz, J., Gobet, E., Häberle, S., Rentzel, Ph., Schäfer, M., Schibler, J., Wey, O., Tinner, W. (2020) Archaeological and palaeoecological investigations at Burgäschisee (Swiss Plateau): new interdisciplinary insights in Neolithic settlement, land use and vegetation dynamics. In: Hafner, A., Dolbunova, E., Mazurkevich, A., Pranckenaite, E., Hinz, M. (eds.) Settling Waterscapes in Europe: The archaeology of Neolithic and Bronze Age pile-dwellings. Open Series in Prehistoric Archaeology 1, Bern and Heidelberg: Propylaeum, 2020, 173-204.

2019

• Hüglin, S., Alder, C., Brombacher, C., Hüster-Plogmann, H., Pümpin, C., Schäfer, M., Rentzel, P. & Vandorpe, P. (2019) Latrine und Mörtelmischmaschine: hochmittelalterliche Befunde und Funde der Grabung Martinsgasse 6+8, Basel, Jahrbuch Archäologie Schweiz 102, 1-46.

2018

• Bleicher, N., Antolín, F., Heiri, O., Häberle, S., Hüster-Plogmann, H., Jacomet, S., Pümpin, C., Rentzel, P., Schäfer, M., Schibler, J., Wiemann, P., van Hardenbroek, M., Tóth, M., Schneider, HR (2018): Middens, currents and shorelines: Unraveling the complex depositional processes of waterlogged prehistoric lakeside settlements at the example of Zurich-Parkhaus Opéra (Switzerland). Journal of archaeological science 97, 26-41.
• Antolín, F; Häberle, S; Jesus, A.; Martínez-Grau, H; Prats, G; Schäfer, M; Steiner, B (2018): The AgriChange Project: an integrated on-site approach to agricultural and land-use change in relation to climate during the Neolithic in Western Europe. The PAGES Magazine 26(1), 26-27.

2017

• Schäfer, M. Invertebratenreste. In: N. Bleicher/C. Harb (Hrsg.), Zürich-Parkhaus Opéra. Eine neolithische Feuchtbodenfundstelle. Band 3: Naturwissenschaftliche Analysen und Synthese (Monographien der Kantonsarchäologie Zürich 50). Zürich und Egg 2017, 144-165.
• Schibler, J./Schäfer, M. Von Hand aufgelesene Tierknochen. In: N. Bleicher/C. Harb (Hrsg.), Zürich-Parkhaus Opéra. Eine neolithische Feuchtbodenfundstelle. Band 3: Naturwissenschaftliche Analysen und Synthese (Monographien der Kantonsarchäologie Zürich 50). Zürich und Egg 2017, 92-127.
• Bleicher, N., Harb, C., Antolín, F., Häberle, S., Hüster Plogmann, H., Jacomet, S., Schäfer, M., Schibler, J. (2017): Wirtschaft. In: N. Bleicher/C. Harb (Hrsg.), Zürich-Parkhaus Opéra. Eine neolithische Feuchtbodenfundstelle. Band 3: Naturwissenschaftliche Analysen und Synthese (Monographien der Kantonsarchäologie Zürich 50). Zürich und Egg 2017, 231-238.
• Bleicher, N., Antolín, F., Heiri, O., Häberle, S., Hüster Plogmann, H., Jacomet, S., Pümpin, C., Rentzel, Ph., Schäfer, M., Schibler, J., Wiemann, Ph. (2017): Taphonomie und Schichtgenese. In: N. Bleicher/C. Harb (Hrsg.), Zürich-Parkhaus Opéra. Eine neolithische Feuchtbodenfundstelle. Band 3: Naturwissenschaftliche Analysen und Synthese (Monographien der Kantonsarchäologie Zürich 50). Zürich und Egg 2017, 215-226.
• Schäfer, M. (2017): Archäozoologische Untersuchung der Tierknochen aus der linearbandkeramischen Siedlung Vaihingen/Enz (Kreis Ludwigsburg, D) und ihre Interpretation. Dissertation Universität Basel, 506 S.

2016

• Bogaard, A., Arbogast, R.-M., Ebersbach, R., Fraser, R.A., Knipper, C., Krahn, C., Schäfer, M., Styring, A., Krause, R. (2016): The Bandkeramik settlement of Vaihingen an der Enz, Kreis Ludwigsburg (Baden-Württemberg): an integrated perspective on land use, economy and diet. Germania 94, 1-60.

2013

• Amy Bogaard, Rebecca Fraser, Tim H. E. Heaton, Michael Wallace, Petra Vaiglova, Michael Charles, Glynis Jones, Richard P. Evershed, Amy K. Styring, Niels H. Andersen, Rose-Marie Arbogast, László Bartosiewicz, Armelle Gardeisen, Marie Kanstrup, Ursula Maier, Elena Marinova, Lazar Ninov, Marguerita Schäfer, and Elisabeth Stephan (2013). Crop manuring and intensive land management by Europe’s first farmers. PNAS 2013, vol. 110, no. 31, 12589-12594.
• Fraser, R.A., Bogaard, A., Schäfer, M., Arbogast, R., & Heaton, T.H.E. (2013). Integrating botanical, faunal and human stable carbon and nitrogen isotope values to reconstruct land use and palaeodiet at LBK Vaihingen ander Enz, Baden-Württemberg. World Archaeology 2013, 45:3, 492-517, DOI.

2010

• Schäfer, Marguerita (2010). Viehzucht- und Jagdstrategien der ersten Bauern in Süddeutschland. In: E. Classen et al. (Hrsg.), Familie - Verwandtschaft - Sozialstrukturen: Sozialarchäologische Forschungen zu neolithischen Befunden. Fokus Jungsteinzeit, Berichte der AG Neolithikum, Band 1. Loogh 2010, 107-118.

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