Die Geschichte der Geoarchäologie in Basel reicht bis an die Anfänge des Labor für Urgeschichte zurück. Ab 1953 baute Prof. Elisabeth Schmid, Pionierin der Sedimentanalyse in archäologischen Fundstellen, eine Tradition auf, die heute bereits in der 3. Generation und um zahlreiche Methoden erweitert, bestand hat.

Bei archäologischen Sondierungen und Ausgrabungen wird im Hinblick auf die Interpretation der Schichten in zunehmendem Mass die Expertise der Geoarchäologie herangezogen. Dazu werden die gereinigten Profile oder Flächenbefunde zunächst begutachtet, geoarchäologisch/bodenkundlich dokumentiert und zusammen mit den örtlichen Archäologen beurteilt. Je nach Bedarf und Fragestellungen kommt es zur Entnahme von klassischen Sedimentproben und Blockproben für die anschliessenden Laboranalysen.

Neben geochemischen und granulometrischen Untersuchungen liegt seit den 1990er Jahren der Schwerpunkt der geoarchäologischen Abteilung an der Universität Basel in der Mikromorphologie; eine optische Untersuchungsmethode für Lockersedimente und archäologische Kulturschichten im makro- und mikroskopischen Bereich.